L'assemblée des délégués est l'organe suprême de la SEC Suisse et constitue son instrument législatif. La gestion stratégique de l'association est attribuée au comité central qui se compose de 7 et 9 membres. Ces derniers sont responsables de certains secteurs d'activité.

Le secrétariat central est situé à la rue Hans-Huber 4 à Zurich. Un secrétariat romand est localisé à Neuchâtel. La direction est assurée par la ou le secrétaire général en collaboration avec les secrétaires centraux/les ainsi que les autres responsables de départements.

Le document "Corporate Governance" détaille les structures et indique les personnes qui occupent les postes clés de l'association.